Untuk mengesan dan membezakan tanaman transgenik dengan tanaman semula jadi lain, telah dibangunkan beberapa teknik dan alat uji.[51] Salah satu uji kualitatif yang pantas dan mudah adalah jalur aliran-lateral (sejenis tongkat ukur).[52] Benih tanaman yang akan diuji dihancurkan terlebih dahulu kemudian jalur tersebut dicelupkan ke dalamnya.[51] Apabila dalam masa 5-10 minit muncul dua garis pada jalur maka sampel tersebut positif merupakan tanaman transgenik, sedangkan apabila hanya satu jalur yang diperolehi maka hasil yang diperoleh adalah negatif.[51][52] Teknik ini berdasarkan pada pengesanan kehadiran protein atau antibodi tertentu daripada tanaman transgenik.[51]

Ujian lain yang boleh digunakan untuk mengesan tanaman transgenik adalah tindak balas berantai polimerase (PCR) dan ELISA (cerakin imunoserapan berkaitan enzim).[51] Ujian PCR merupakan salah satu kaedah diagnostik molekular yang mengesan DNA atau gen pada tanaman transgenik secara langsung.[51] Sementara itu, ELISA dan jalur aliran-lateral merupakan kaedah imunodiagnostik (kaedah diagnostik menggunakan prinsip tindak balas antigen-antibodi) yang mengesan protein hasil ekspresi gen pada tanaman transgenik.[51]